Awal mula Bank Syariah Bukopin berasal dari sebuah bank umum bernama Bank Persyarikatan Indonesia yang diakuisisi oleh PT Bank Bukopin Tbk untuk kemudian dikembangkan menjadi bank Syariah. Bank Syariah Bukopin mulai beroperasi dengan melaksanakan kegiatan usaha berdasarkan prinsip Syariah setelah memperoleh izin operasi Syariah dari Bank Indonesia pada tanggal 27 Oktober 2008 dan kemudian diresmikan pada tanggal 11 Desember 2008.
Selanjutnya sejak tanggal 10 Juli 2009 melalui Surat Persetujuan Bank Indonesia, PT Bank Bukopin Tbk telah mengalihkan Hak dan Kewajiban Usaha Syariah-nya kedalam Bank Syariah Bukopin. Hingga saat ini Bank Syariah Bukopin telah mengeluarkan beberapa layanan dan jasa perbankan syariah mulai dari pendanaan, pembiayaan, jasa syariah, hingga layanan wakaf uang.